La Coordinación académica del plantel se encuentra a cargo de la Magister  Irma Parrales, quien tiene como funciones:

• Participar en cada uno de los estamentos de la institución donde haga parte el Rector.
• Asumir las funciones de animación del colegio en ausencia del Rector.
• Velar por el cumplimiento de las funciones docentes y el oportuno aprovechamiento de los recursos necesarios para el efecto.
• Convocar las reuniones del Consejo Académico.
• Promover el proceso continuo de mejoramiento de la calidad de la educación en el establecimiento.
• Mantener activas las relaciones con las autoridades educativas, con los patrocinadores de la institución y con la comunidad local.
• Estructurar, promover, dirigir, evaluar los proyectos educativos institucionales y la investigación en el ser-quehacer pedagógico del maestro y de los estudiantes de la Unidad Educativa Manabí.
• Controlar y supervisar el Plan de Estudios de las áreas.
• Realizar pruebas al alumnado para analizar y evaluar la marcha académica del Colegio.
• Dirigir y supervisar los proyectos y las programaciones de los profesores.
• Coordinar el desarrollo de las actividades docentes.
• Evaluar a los profesores y apoyarlos en su trabajo.
• Acompañar y evaluar el programa de Bienestar de la Institución.
• Liderar la integración de los departamentos y la puesta en marcha de sus proyectos.
• Investigar sobre nuevas formas de evaluación y recuperación.
• Organizar conferencias, charlas y otras actividades, previo el visto bueno de los Administrativos.
• Velar por el buen uso del material escolar.
• Revisar y aprobar los logros e indicadores de logro que diseñan los profesores cada período para evaluar los estudiantes.
• Revisar y aprobar las planeaciones anuales y periódicas de los profesores.
• Aprobar los cambios que deban darse durante el desarrollo de la planeación.
• Aprobar la programación de las evaluaciones escritas.
• Promover el intercambio con otras Instituciones y grupos de investigación.
• Socializar los alcances y logros de las experiencias investigativas.
• Conformar los semilleros y grupos de investigación.
• Integrar las disposiciones legales al programa de investigación y proyectos educativos institucionales.
• Supervisar las actividades desempeñadas por los integrantes del COBE y del Programa de tutoría del plantel.